Organami Partnerstwa są:
Komitet Wyższych Przedstawicieli - podejmuje decyzje w sprawach proceduralnych i w kwestiach finansowych dotyczących funkcjonowania Partnerstwa i jego mechanizmów, ustanowienia grup ekspertów, przygotowanie dokumentów i propozycji dla Corocznej Konferencji Partnerstwa (PAC).
Grupy eksperckie, które pełnią rolę doradczą oraz zapewniają merytoryczne wsparcie w przygotowaniu i wdrażaniu wspólnych działań prowadzonych w ramach Partnerstwa, a także służą wzmocnieniu współpracy pomiędzy Partnerami: grupa ekspercka ds. HIV/AIDS; grupa ekspercka ds. zdrowia w więziennictwie; grupa ds. podstawowej opieki medycznej; grupa ds. społecznego włączenia, zdrowych stylów życia i zdolności do pracy (posiada trzy podgrupy, tj. ds. alkoholu, ds. zdrowia młodocianych, ds. zdrowia w miejscu pracy ). W pracach wszystkich grup biorą udział polscy eksperci.
Sekretariat, zapewniający administracyjne i analityczne wsparcie CSR i grup eksperckich.
Projekt Baza Danych NDPHS
Baza Danych NDPHS - w wymiarze praktycznym stanowi unikalne źródło dostępu do informacji i danych na temat trwających i wdrażanych projektów, organizacji, osób (liderów projektów, ekspertów) i udostępnionych dokumentów (publikacji, raportów, itp.) w zakresie zdrowia publicznego i spraw społecznych, a zasięg geograficzny obejmuje obszar Wymiaru Północnego. Ponadto Baza Danych umożliwia użytkownikom zarówno wyszukiwanie informacji zebranych z różnych źródeł, jak również prezentowanie własnych danych do wiadomości publicznej, poprzez zastosowanie specjalnych mechanizmów wyszukiwania i uzupełniania.
Linia Projektowa – narzędzie koordynacji dla finansowania projektów, które umożliwia samodzielne wprowadzenie propozycji projektu, automatycznie przyporządkowuje projekt odpowiednim kategoriom i identyfikuje możliwe źródła finansowania przekazując informację projektodawcom i donatorom (agencje finansujące, Partnerzy), którzy podejmują decyzję o udzieleniu dofinansowania. Ponadto prezentowane są informacje o innych możliwych źródłach uzyskania dofinansowania do projektów w obszarze Wymiaru Północnego.