W obszarze Ochrona zdrowia zaplanowano alokację w wysokości 35 mln CHF w ramach dwóch celów programowych:
Cel I: Promocja zdrowego trybu życia oraz zapobieganie chorobom zakaźnym - dostępna alokacja: do 12 milionów CHF,
Cel II: Poprawa usług podstawowej opieki zdrowotnej i usług opieki społecznej na peryferyjnych i zmarginalizowanych terenach obszarów objętych koncentracją geograficzną (województwa: lubelskie, podkarpackie, świętokrzyskie, małopolskie) - dostępna alokacja: do 23 milionów CHF.
Funkcję Instytucji Pośredniczącej dla obszaru tematycznego Ochrona zdrowia pełni Biuro do Spraw Zagranicznych Programów Pomocy w Ochronie Zdrowia.

Wsparcie w ramach Celu I dotyczyć może działań informacyjnych, kampanii promocyjnych, działań szkoleniowych i zapobiegawczych w ramach następujących programów:
1. Zapobieganie nadwadze i otyłości oraz chorobom przewlekłym poprzez edukację w zakresie żywienia i aktywności fizycznej społeczeństwa,
2. Edukacja, promocja i profilaktyka w kierunku zdrowia jamy ustnej skierowana do dzieci przedszkolnych, ich rodziców, opiekunów i wychowawców,
3. Zapobieganie zakażeniom HCV,
4. Zapobieganie chorobom zakaźnym na poziomie krajowym i regionalnym poprzez rozwój strategii i struktur instytucji ochrony zdrowia.

W zakresie Celu II realizowane będą programy mające na celu wspieranie domów pomocy społecznej i/lub placówek opiekuńczo-wychowawczych oraz ich personelu. Każdy z programów będzie składał się z następujących trzech komponentów:
- poprawa infrastruktury domów pomocy społecznej i/lub placówek opiekuńczo-wychowawczych poprzez realizację programów naprawczych, w tym inwestycji i/lub przebudowy/rozbudowy/modernizacji, a także zadań związanych z zakupem niezbędnego wyposażenia i sprzętu i/lub ich renowacji,
- podnoszenie kwalifikacji personelu domów pomocy społecznej i/lub placówek opiekuńczo-wychowawczych, głównie pracującego bezpośrednio z ich mieszkańcami,
- poprawa jakości usług pielęgniarskich dla mieszkańców domów pomocy społecznej, w tym wspieranie kwalifikacji zawodowych pielęgniarek/pielęgniarzy pracujących w domach pomocy społecznej, wyposażenie domów pomocy społecznej w sprzęt niezbędny dla pielęgniarek/pielęgniarzy do świadczenia usług, stanowiący minimalne konieczne wyposażenie pielęgniarki.