W myśl art. 57 ustawy z dnia 30 sierpnia 1991 r. o zakładach opieki zdrowotnej (Dz. U. z 2007 r. Nr 14 poz. 89, z późn. zm.) fundusz założycielski samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej zwiększają między innymi przekazane z budżetu państwa dotacje na remonty, inwestycje, w tym zakup aparatury i sprzętu medycznego. Zgodnie z art. 126 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz. 1240 z późn. zm.) dotacje są to podlegające szczególnym zasadom rozliczania środki z budżetu państwa, budżetu jednostek samorządu terytorialnego oraz z państwowych funduszy celowych przeznaczone na podstawie ww. ustawy, odrębnych ustaw lub umów międzynarodowych, na finansowanie lub dofinansowanie realizacji zadań publicznych.
Jednakże z dniem 1 stycznia 2010 r. środki pochodzące z budżetu Unii Europejskiej (art. 5 ust. 1 pkt 2 ustawy o finansach publicznych) nie stanowią dotacji w rozumieniu art. 126 ustawy o finansach publicznych. Przy wydatkowaniu tych środków nie stosuje się zasad rozliczania określonych dla dotacji z budżetu państwa (art. 184 ust. 2 ustawy o finansach publicznych). Wydatki z budżetu środków europejskich realizowane są w formie tzw. płatności (art. 185 i art. 186 pkt 2 ustawy o finansach publicznych). Natomiast środki przeznaczone na współfinansowanie (krajowe) realizacji programów finansowanych z udziałem środków europejskich przekazywane są w formie dotacji celowych (art. 127 ust. 2 pkt 5 ustawy o finansach publicznych). Z tego względu jedynie środki przekazywane w formie dotacji celowych mogą w chwili obecnej zostać zakwalifikowane w myśl art. 57 ustawy o zakładach opieki zdrowotnej jako zwiększające fundusz założycielski.
Należy jednak pamiętać, że powyższe zasady wynikają z ustawy o finansach publicznych, która weszła w życie w dniu 1 stycznia 2010 r. Przed tym terminem, podczas obowiązywania ustawy z dnia 30 czerwca 2005 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 249, poz. 2104 z późn. zm.) środki pochodzące z budżetu Unii Europejskiej na realizację programów, projektów i zadań, w tym również środki przeznaczone na ich współfinansowanie przekazywane były jednostkom sektora finansów publicznych w formie dotacji rozwojowych (art. 106 ust. 2 pkt 3a i art. 202) z budżetu państwa lub jednostek samorządu terytorialnego.
W świetle powyższego środki z budżetu Unii Europejskiej otrzymywane na realizację projektów, na podstawie umów zawartych w 2010 r., tj. podczas obowiązywania aktualnej ustawy o finansach publicznych, to ww. płatności. Przedmiotowe wsparcie nie stanowi zatem dotacji w rozumieniu art. 126 ustawy o finansach publicznych, a więc powinno zostać zaliczone odpowiednio do rozliczeń międzyokresowych przychodów, zgodnie z art. 41 ust. 1 pkt 2 lub pozostałych przychodów operacyjnych, zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 32 h ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2009 r. Nr 152 poz. 1223, z późn. zm.).
Rozszerzając powyższe stanowisko w związku z licznymi pytaniami ze strony spzoz warto podkreślić, że decydujące znaczenie dla sposobu księgowania środków unijnych ma data ich przekazania. Jeżeli środki unijne przekazano w 2010 r. tj. podczas obowiązywania aktualnej ustawy o finansach publicznych (nawet na podstawie umowy podpisanej 2009 r.) w formie płatności, to nie stanowią one dotacji w rozumieniu art. 126 ustawy o finansach publicznych, a więc należy je zaliczyć odpowiednio do rozliczeń międzyokresowych przychodów, zgodnie z art. 41 ust. 1 pkt 2 lub pozostałych przychodów operacyjnych, zgodnie z art. 3 ust. 1 pkt 32 h ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2009 r. Nr 152 poz. 1223, z późn. zm.). Natomiast jeżeli przekazano je do końca 2009 r. to stanowiły one dotację rozwojową i należy zaksięgować je zgodnie z art. 57 ustawy o zakładach opieki zdrowotnej - zwiększając fundusz założycielski.