21 czerwca 2011 r. minister rozwoju regionalnego Elżbieta Bieńkowska zatwierdziła aktualizację Wytycznych w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach Programu Infrastruktura i Środowisko. Dokument obowiązuje od 21 czerwca 2011 r.

Zaktualizowane Wytyczne wprowadzają udogodnienia dla beneficjentów Programu Infrastruktura i Środowisko w zakresie:

• uproszczenia definicji dofinansowania (Rozdział 3),
• uproszczenia zapisów dotyczących płatności zaliczkowych dokonywanych przez beneficjentów na rzecz wykonawców oraz wnoszenia wkładu niepieniężnego (Podrozdział 5.2), oraz uzupełnienie zapisów dotyczących kompensacji nadpłaconego podatku VAT na poczet podatku dochodowego,
• zniesienia wymogu rozeznania rynku dla umów poniżej 2000 zł oraz w zakresie umów na indywidualne formy podnoszenia kwalifikacji (Podrozdział 5.3),
• uproszczenia dokumentowania wydatków kwalifikowalnych (Podrozdział 5.4),
• uproszczenia wymagań, które powinien spełnić podmiot upoważniony do ponoszenia wydatków kwalifikowalnych (Podrozdział 5.5 oraz 5.6),
• określenia progu istotności dla dochodów incydentalnych (Sekcja 5.9.2),
• Podniesienie progu kwalifikowalności wydatków w ramach kategorii zarządzanie projektem w przypadku wystąpienia oszczędności (poprzetargowych) w toku realizacji projektu (Podrozdział 6.2),
• wyłączenie określonych grup wydatków z limitu wydatków na nabycie nieruchomości (Podrozdział 6.3),
• doprecyzowanie zapisów dotyczących kwalifikowalności robót budowlanych (Podrozdział 6.4), w tym zapisów dotyczących kwalifikowalności robót dodatkowych (Sekcja 6.4.2),
• rozszerzenie zakresu kwalifikowalności wydatków ponoszonych na ubezpieczenia w okresie realizacji projektu (Podrozdział 6.8),
• uściślenie niektórych aspektów pomocy technicznej – premiowanie pracowników, zawieranie umów cywilnoprawnych z osobami fizycznymi oraz w zakresie zakupu sprzętu komputerowego i systemów informatycznych oraz wyposażenia biurowego, a także kosztów związanych ze zmianą siedziby beneficjenta (Podrozdział 6.12),
  doprecyzowanie innych postanowień, w tym dotyczących przepisów przejściowych, postanowień w obszarze zasad zawierania umów, zapisów dotyczących kosztów przygotowania projektu poniesionych na wypełnienie wniosku o potwierdzenie wkładu wspólnotowego, reguł kwalifikowalności nadzoru specjalistycznego, reguł kwalifikowalności wynagrodzeń pracowników beneficjenta, reguł kwalifikowalności wydatków poniesionych na sprawdzanie projektu, jego wyposażenia, na szkolenie personelu obsługującego infrastrukturę wytworzoną w ramach projektu, zapisów dotyczących kwalifikowalności kosztów utrzymania samochodów i innych środków trwałych, zapisów dotyczących amortyzacji, zapisów dotyczących planów ewaluacji.