Departament Funduszy Europejskich pełni funkcję Instytucji Wdrażającej (Instytucji Pośredniczącej II stopnia) w systemie wdrażania Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki dla Działania 2.3 - Wzmocnienie potencjału zdrowia osób pracujących oraz poprawa jakości funkcjonowania systemu ochrony zdrowia.
W ramach Działania 2.3 realizowanych jest obecnie 11 projektów systemowych (+ 5, których realizacja została zakończona) , tzn. takich, które polegają na realizacji przez podmioty działające na podstawie odrębnych przepisów, w zakresie określonym przepisami prawa i dokumentami strategiczno-programowymi przyjętymi przez Radę Ministrów. W odróżnieniu od projektów konkursowych, projekty systemowe cechuje wyraźny kontekst strategiczny i powiązanie z obszarami realizowanej polityki rozwoju.
Projekty systemowe mogą być składane i realizowane wyłącznie przez jednostki wskazane w Szczegółowym Opisie Priorytetów PO KL, tj.:
1. Instytut Medycyny Pracy im. J. Nofera w Łodzi
2. Minister właściwy do spraw zdrowia - Departament Polityki Zdrowotnej
3. Centrum Medyczne Kształcenia Podyplomowego w Warszawie
4. Minister właściwy do spraw zdrowia - Departament Pielęgniarek i Położnych
5. Centrum Kształcenia Podyplomowego Pielegniarek i Położnych
6. Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia w Krakowie
7. Minister właściwy do spraw zdrowia - Departament Ubezpieczenia Zdrowotnego
8. Narodowy Fundusz Zdrowia
9. Naczelna Izba Lekarska
10. Centrum Systemów Informacyjnych Ochrony Zdrowia
Wymienieni beneficjenci realizują projekty systemowe w ramach trzech Poddziałań:
